Ішкі мемлекеттік аудит қызметінің негізгі бағыттары, Қазақстан Республикасының 2015 жылғы 12 қарашадағы «Мемлекеттік аудит және қаржылық бақылау туралы» № 392-V Заңының 15 бабына сәйкес, мемлекеттік органда, оның ведомстволарында, аумақтық бөлімшелерінде, ведомстволық бағынысты ұйымдарында олардың қызметінің барлық бағыттары бойынша тиімділік аудитін жүргізеді, ішкі процестердің (бизнес-процестердің) тәуекелдерін басқару жүйесі негізінде ішкі бақылау мен басқару жүйесінің жұмыс істеуін бағалауды жүзеге асырады, бюджет шығыстарымен өзара байланыста мемлекеттік органның стратегиялық жоспарының және аумақтарды дамыту бағдарламаларының мақсаттары мен міндеттеріне қол жеткізуін талдайды, республикалық және коммуналдық активтер мен мүліктің сақталуына тексеру жүргізу болып табылады. Алматы облысы әкімі аппаратының ішкі аудит қызметімен осы бағыттарда бір қатар жұмыстар жүргізілуде, атап айтсақ: 2020 жылы 21 аудиторлық іс-шара жүргізіліп, оның ішінде 19-аудиторлық іс-шара мемлекеттік аудит тізбесі бойынша, 2-аудиторлық іс-шара жоспардан тыс аудиті. Жүргізілген аудиторлық іс-шара бойынша жалпы 3 667 905,0 мың тенге бюджет қаражаты мемлекеттік аудитпен қамтылып. Аудит нәтижесі бойынша барлығы — 1 175 758,2 мың тенге бұзушылықтар анықталған, оның ішінде: рәсімдік сипаттағы бұзушылықтар сомасы — 1 009 336,4 мың тенге, қаржылық бұзушылықтар сомасы — 166 421,8 мың тенге, оның ішінде: бюджетке өтеуге жататыны — 156 145,6 мың тенге, қалпына келтіруге жататыны 10 276,2 мың тенге. Бюджетке өтелгені 810,6 мың тенге, Қалпына келтірілгені 10 276,2 мың тенге. 155 335,0 мың тенгенің қаржылық бұзушылықтары бойынша процессуалдық дұрыс шешім қабылдау үшін құқық қорғау органына берілген. Алматы облысы әкімі аппаратының ішкі аудит қызметімен 2021 жылдың 1 тоқсанында 2 аудиторлық іс-шара жүргізіліп, барлығы 155 028,4 мың тенге бюджет қаражаты мемлекеттік аудитпен қамтылып. Аудит нәтижесі бойынша барлығы – 28 420,3 мың тенге бұзушылықтар анықталған, оның ішінде: рәсімдік сипаттағы бұзушылықтар сомасы – 28367,4 мың тенге, қаржылық бұзушылықтар сомасы – 52,9 мың тенге, оның ішінде: бюджетке өтеуге жататыны – 52,9 мың тенге. Алматы облысы бойынша ішкі мемлекеттік аудит департаментімен Алматы облысы әкімі аппаратының ішкі аудит қызметінің жұмысын үйлестіру барысында ішкі аудит қызметкерлеріне әдіснамалық және консультациялық көмектер және ішкі аудит қызметтерінің мемлекеттік аудит және қаржылық бақылау стандарттарын және ішкі мемлекеттік аудит және қаржылық бақылау жүргізу қағидаларын сақтауы бойынша техникалық сабақтар тұрақты түрде жүргізіліп отырады. Сонымен қатар, ішкі аудит қызметі қызметкерлерінің біліктілігін арттыру мақсатында, Департаменттің 2021 жылға арналған мемлекеттік аудит тізбесіне сәйкес, қаржылық есептілікке аудитін жүргізуге ішкі аудит қызметкерлерін қатыстыру жоспарланған.